A Superintendência do Iplanfor é responsável por orientar, coordenar e supervisionar as atividades e as entregas do Instituto, conforme as normativas da administração pública municipal. Nas suas atribuições, o superintendente exerce a ação política e institucional de planejamento, monitoramento, integração e avaliação de políticas públicas; promove a geração de conhecimento e inovação, além de assessorar o prefeito e colaborar com outros gestores municipais nos assuntos de competência do Iplanfor.

A Superintendência Adjunta é responsável por auxiliar o superintendente a dirigir, organizar, orientar, controlar e coordenar as atividades do Iplanfor; promovendo a articulação interinstitucional e com a sociedade civil; também coordena o diálogo intersetorial dentro do Instituto.
 

A Assessoria Técnica é responsável por elaborar material técnico, comunicações oficiais e assessorar a Superintendência em audiências, reuniões e eventos; realizar a abertura e o monitoramento de processos; apoiar no planejamento de ações do Instituto; além de ser responsável pela Ouvidoria.
 

A Assessoria de Planejamento e Desenvolvimento Institucional é responsável por coordenar o desenvolvimento institucional referente ao planejamento estratégico e aos processos organizacionais do Iplanfor; monitorar a execução de programas e projetos; acompanhar a execução orçamentária e participar da elaboração dos instrumentos de planejamento e orçamento (PPA, LDO, LOA e Mensagem à Câmara), além de atribuições de controle interno.

A Assessoria de Projetos Inovadores é responsável por estudar, prospectar e fomentar iniciativas ou projetos inovadores com temas transversais, de impacto e relevância social, econômica e ambiental, os quais promovam a participação social no planejamento local, além de articular, apoiar ou gerenciar a elaboração dos respectivos projetos estratégicos do Instituto.

A Comunicação é responsável por produzir, editar e divulgar conteúdos relacionados ao Iplanfor, considerando o público-alvo (interno ou externo) e o objetivo que se pretende alcançar. O setor administra os canais de comunicação existentes, sejam em meio físico ou digital. É atribuição da área, ainda, a gestão do design na instituição. Além disso, orienta, avalia e aprova a aplicação de marca da autarquia em peças de comunicação produzidas internamente ou por instituições parceiras. Também coordena o atendimento às demandas de imprensa e gerencia conflitos que possam influenciar a posição do Instituto perante a opinião pública.

Compete à Procuradoria Jurídica assessorar o superintendente e os demais funcionários do Instituto nos assuntos jurídicos; assistir o superintendente no controle interno da legalidade administrativa dos atos; examinar as minutas e os editais de licitação, de contratos, acordos ou convênios; defender, judicial e extrajudicialmente, os interesses e os direitos da autarquia; redigir e examinar projetos de lei, emendas, regulamentos e outros atos de natureza jurídica de interesse do Iplanfor; definir e coordenar normas internas, portarias, gestão de contratos, convênios e processos de licitações; gestão e fiscalização de contratos; entre outras atividades.

A Diretoria Administrativo-financeira é responsável por planejar, coordenar e orientar as atividades relacionadas às áreas administrativa, financeira e de gestão de pessoas; definir e coordenar a aplicação de normas internas, portarias, gestão de contratos e serviços de licitações; propor normas de acompanhamento, gestão e fiscalização de contratos, convênios e demais ajustes; coordenar o plano de aquisições, o sistema de material e a logística; assessorar a Superintendência por meio da elaboração de relatórios mensais físicos e financeiros; além de coordenar a execução orçamentária, contábil e financeira do Iplanfor.

A Diretoria de Sistemas de Informações é responsável por implementar as políticas, normas e padrões adotados pelo Município na área de Tecnologia da Informação e Comunicação de Dados (TIC); coordenar a execução do Plano Diretor de Tecnologia da Informação do Iplanfor; identificar e propor soluções estratégicas e estruturantes de aplicação de TIC para dar suporte às atividades do Instituto e de seus programas finalísticos; representar institucionalmente o Iplanfor em assuntos relacionados à TIC, a Acervo Documental do Município e ao Geoprocessamento; coordenar a implantação do acervo de informações em meio físico ou digital relacionadas a Fortaleza; coordenar a implantação e gerir o Sistema de Informações Geográficas de Fortaleza; propor a política de geoprocessamento da gestão municipal; prestar consultoria técnica a outros órgãos e entidades da administração pública, bem como fornecer informações à sociedade.

A Diretoria de Planejamento é responsável por coordenar a elaboração, a revisão e a atualização de planos estratégicos e setoriais, além de planos diretores participativos de desenvolvimento de Fortaleza; promover a integração entre os instrumentos de planejamento municipal e suas atualizações (Plano Estratégico de curto, médio e longo prazo - Plano Fortaleza 2040, Plano Diretor Participativo, Planos Setoriais, Agendas Regionais, Plano de Governo, Plano Plurianual-PPA e Lei Orçamentária Anual-LOA); além de garantir a efetiva participação social no processo de elaboração de planos estratégicos.

É atribuição da Diretoria do Observatório de Governança Municipal coordenar o monitoramento e a avaliação de resultados estratégicos de governo, em articulação com demais órgãos municipais; monitorar, avaliar e aprimorar o processo da governança da gestão municipal; identificar e propor canais de diálogo inovadores; construir ou modificar indicadores que propiciem a avaliação qualitativa de políticas públicas; promover convênios com entidades técnicas, entidades de estudos e pesquisas, observatórios ou instituições de ensino superior; além de realizar estudos e pesquisas científicas, socioeconômicas e urbanísticas de interesse público. A Diobs é responsável, ainda, pela gestão do Observatório de Fortaleza.

A Diretoria de Articulação e Integração de Políticas é responsável por promover a integração das políticas públicas em escala territorial; articular a implantação participativa e democrática das zonas territoriais especiais definidas em lei; coordenar a elaboração de planos e regulamentação das Zonas Especiais de Interesse Social (Zeis) e demais Zonas Especiais; apoiar as diretorias do Iplanfor na articulação com setores acadêmicos, produtivos e em diversas esferas governamentais. Cabe à Diart, ainda, implantar o Fórum de Integração de Políticas Públicas; acompanhar o funcionamento dos Conselhos Regionais de Participação; realizar seminários e debates com secretarias e órgãos municipais; além de articular a regulamentação das Zonas Urbanísticas Especiais e apoiar a elaboração de planos regionais e setoriais.